民國九十五年國立成功大學為因應環境保護及資源永續利用等議題，在「國立成功大學發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」下，整合環境研究中心、資源再生及管理研究中心、環境資源研究管理中心與水質研究中心，成立跨領域的永續環境科技研究中心(永續環境實驗所前身)。以「環境零災害、資源零廢棄」為願景，透過整合環境科學、工程技術及社會科學，朝向學術卓越發展，並提供產業全方位服務，期能促進循環經濟體系發展並成為國際永續環境領域研究重鎮。

民國95年中，永續中心以國內環境領域中團隊最完整，且研究成果優越的成大工學院環境土木學群為主體，結合理學院、社科學院、醫學院、規劃與設計學院，及成功大學研究中心所屬之環境相關研究中心，擬定出三項環境重點發展議題，包括：(1)健康與安全環境、(2)綠色資源與能源、(3)環境復育與防災。本中心以此三大研究議題為核心，重點投入研究量能，除基礎研究外，亦結合產、官、學、研之資源，致力於技術與策略之研發、應用與服務，期能協助建構「低碳、安全、零廢」的永續環境與社會。經過七年的努力，永續中心已經成功整合本校在環境領域的能量，是國內表現最傑出、研發成果最頂尖的環境領域研究單位。為了組織的永續發展並配合成大的校務發展，永續中心已於102年04月校務會議通過核備成為編制外校級單位，並正式更名為「永續環境實驗所(以下簡稱本所)」，透過過去發展歷程之說明，永續環境實驗所發展宗旨與定位如下：
1. 精進學術研究，成為環境領域國際知名、亞洲領先之頂尖研究機構；

2. 匯集人才與資訊，成為國家環境領域重要智庫；

3. 規劃課程與教材，成為亞洲環境領域重要人才培訓機構；

4. 強化科技研發，成為產業環境技術與知識重要提供者。

本所努力加速發展為國際上環境領域重要的頂尖研究單位，除了有利於爭取多年期的大型整合型計畫，對於成功大學致力成為全方位的卓越大學所設定的短中長期發展方針，本所定能做出積極的貢獻。圖2為本所組織架構圖，共設置五個組(廠)以及四個研究中心，組(廠)和研究中心都屬於二級單位，營運上大體採用對內以各組(廠)專業組織分工執行業務，對外以研究中心為主體凝聚成大校內與本所之研究人力與能量，共同對外爭取大型研究型計畫。

本所成為成大編制外校級單位後，自102學年度起營運方向除了最基本的自給自足之外，更設立了諸多發展重點，以下分別條列式說明內容，以及和設立宗旨相符的情況。

1. 發展貴重金屬回收再利用技術：本所過去曾執行經濟部學界科專「半導體廢料回收及稀有金屬純化精煉技術研發3年計畫」，奠基於早期曾執行兩次(6年)學界科專計畫，本所曾是國內此研究領域頂尖的研究單位，本所也曾爭取到成大頂大計畫拔尖計畫之研究補助，全力發展成為國際著名的研究機構。雖然目前相關研究團隊成員多已轉任本校或外校教職，同時相關大型計畫也暫無進展，但希望未來能再現此一研究領域之研究量能。
2. 土壤地下水汙染整治技術研發：本所過去長期投入研發土壤地下水汙染相關整治技術，累積不少技術與專利，2016年7月執行完成科技部「毒性物質污染場址植生復育整合技術研發：安順廠戴奧辛污染物綠色技術開發」產學合作兩年計畫，除了學術研究之外，相關成果也積極推廣至土壤地下水污染整治產業。
3. 資源循環技術與策略研發：永續發展是近來全球關注的焦點，其中減少能資源原物料的使用是其中的關鍵，換言之，發展資源循環的社會以推動循環型經濟是此刻努力的方向，本所投注相當大的心力於此議題，包括營建廢棄物資源循環技術與策略、鋼鐵產業副產品資源循環技術研發、環境資材資源循環技術研發等。
4. 綠色創新：綠色創新(或生態創新)是歐盟近年來努力推動的方向，透過綠色意涵的創新，可以解決許許多多的問題，包括產業生產效能、政策推動、回應氣候變遷的挑戰、減輕地球的環境負荷等，本所透過參與歐盟計畫的機會，全力推動此議題在台灣的深度與廣度，並結合目前國內主要的研究機構或推動單位，共同來努力。目前所內各項計畫也配合如環保署等政府單位也積極推動相關綠色永續整治議題，期待在環境、社會及經濟面向全方位思維，以創新思維，創造綠色永續的未來。
5. 協助政府食品與農產品邊境查驗及檢驗工作：本所具備全國認證基金會及(TAF2099)食品藥物管理署認證實驗室(TFDA021號)，可以全力協助政府相關單位，執行食品與農產品農藥殘留檢驗工作，確保相關產品的安全性，保護國人的健康。
6. 強化環境檢測工作：本所具備環檢所認證實驗室(NIEA 103號)認證實驗室，可以執行相關之環境檢測委託工作，包括重金屬檢測、揮發性有機物質檢測、地下水質檢測、飲用水質檢測、土壤及固體廢棄物檢測、事業廢棄物檢測等，未來希望成為國內重要的檢測公正單位。
7. 強化人才培訓與教育：本所除了努力發展相關領域之技術研發，更了解到教育工作的重要性，目前配合成大開設之「跨領域永續發展全英語學分學程(CPSD)學程」, 招收國際學生教授永續發展的課題，另外也努力配合政府政策推動環境教育的工作，本所已有數名研究員具備環境教育種子教師的資格，也積極推動成為環境教育機構或者是環境教育設施場所。此外，本所此刻也努力配合政府單位，規劃設立土水污染整治人才培訓基地，希望成為東南亞以及大陸環境產業產官學研重要的人才培訓機構。
8. 提升實驗室廢棄物專責處理機構的量能：本所所屬環境資源研究管理中心，為國內唯一實驗廢棄物處理機構，目前處理國內大部分之實驗廢棄物，另有餘裕量服務其他非屬教育機構所產生之事業廢棄物，協助其解決所產生之難處理廢棄物無處可去之窘境。另外亦有平抑國內有害廢棄物處理單價之功能，提供教育機構一個穩定且實惠的廢棄物處理條件。本所規劃提升環境資源研究管理中心的處理規模，以及設備更新等工作。